Pour définir les sites à désigner au titre de la directive « Habitats », chaque Etat membre doit tenir compte :
- des régions biogéographiques représentées sur son territoire
- des habitats naturels et des espèces recensés pour chacune d’entre elles.
Régions biogéographiques en Europe
9 grandes régions biogéographiques ont été définies en Europe (l’intégration de la Roumanie et de la Bulgarie à l’Union Européenne rajoutera 2 nouvelles régions : Steppique et Littoraux de la mer Noire) :
- Alpine ;
- Atlantique ;
- Boréale ;
- Continentale ;
- Macaronésienne ;
- Méditerranéenne ;
- Pannonique ;
- Steppique ;
- Littoraux de la mer Noire
Ces grandes régions correspondent à des conditions de vie particulières pour les espèces sauvages.
Les milieux naturels rares, en régression, remarquables ou caractéristiques de chaque région concernée sont visés par la directive "habitats".